德国大众对车身结构强度的重视有口皆碑，而这也是车辆安全的最基本要素。桑塔纳3000的车身大量使用了高强度镀锌钢板，并在结构方面做了许多优化改进：
优化了前后碰撞变形区域，并增强了A、B、C柱强度，有效吸收冲击能量，保护车内乘员安全。车身前端纵梁设计了碰撞吸能缓冲区，将车辆发生正面碰撞时对乘员的危害降到最低。通过采用防撞横梁、地板加强板、发动机底部支撑架等措施防止碰撞后发动机过多侵入乘客舱，保证乘客行动空间。四门防撞杆与车身结构一起形成一个完整的乘员保护网，不仅可以吸收撞击能量，更能将撞击力迅速传导到整个车身，以最小的车身变形提供最大的侧面防护。
高位制动灯
  位于后风窗上方，与后方驾驶员视线持平，在增添大方气派的同时令制动信号更为醒目，制动信息传递更为有效，特别在雨雾天等视野较差的情况下，可清楚提醒后方驾驶员保持距离。  
防眩目内后视镜
 

可根据白天夜晚光线强度的不同调节反光率，减少后方强光反射对驾驶者视线的不利影响，减轻了驾驶员的视觉疲劳，提供了宽阔良好的后方视野。

 
倒车雷达
  这是在豪华型上的新配置。倒车时系统利用超声波原理，由装置于车尾保险杠上的四只传感器发送超声波，在撞击障碍物后反射此声波到探头，从而计算出车体与障碍物之间的实际距离，再提示给驾驶者，使停车和倒车更加容易安全。与模拟式相比06款桑塔纳3000的数字式雷达系统具有检测距离更准确，误报警少，盲区少，受干扰少,工作稳定性更强，系统自检功能更完善、监测区域更广等特点。  
ABS防抱死制动系统
  系统由轮速传感器、电子控制器和液压调节器三部分组成。四个轮速传感器分别将各车轮信号传给电子控制器，经过运算得出各车轮的滑移程度。一旦经运算发现某个车轮接近抱死滑移，控制器立即指令液压调节器将该轮的制动泵泄压，使车轮恢复转动，杜绝了紧急制动时车轮抱死引起的转向失灵、甩尾侧滑等危险情况的发生，是行车安全的重要保障。  
后门儿童安全锁
  后车门设计有儿童安全锁。当锁杆拨向车门，然后关上车门时，即使锁钮处于开启位置，车门内手柄也不起作用，车门只能从外面打开，可有效防止车辆行进过程中儿童打开车门造成意外伤害。  
安全带
  前座两侧为3点式安全带，后座两侧为3点式安全带，中间为2点式安全带。3点式安全带配有紧急锁紧式伸缩装置，有利用摆锤检测碰撞冲击而锁死安全带的机构，在紧急状态下（在发生碰撞情况下），安全带会瞬间拉紧，束缚乘员身体；而在正常佩带状态下则可自由地拉出或收缩，不妨碍乘员活动。  
安全气囊
  位于驾驶员正面，当发生撞击时，气囊在电子装置的控制下整个充气过程只需几十毫秒，柔和支撑身体上部，事故结束后则会自动迅速排出空气，恢复驾驶员视野，配合安全带的使用可以起到更好的保护作用。  
可溃缩式转向管柱
  当车辆发生正面碰撞时，转向管柱上下部分可自动脱开，通过形变来吸收能量，保持方向盘位置处于安全范围内，能够显著减小驾驶员胸部受方向盘的冲击力，以减少二次伤害。  
电子防盗系统
  车钥匙内集成了脉冲转发器，启动发动机时，防盗系统的控制单元通过检查钥匙上转发器所发出的脉冲信号的正确性来防止车辆非法启动。防盗系统技术含量高，使用方便，安全可靠，它与方向盘锁止防盗和门锁防盗一起构成严密的安全屏障，使用户无论身处何处都可放心停放。  
方向盘防盗
  转向系统巧妙设置了机械防盗装置，在车钥匙拔出后，方向盘转到一定位置就自动锁止，无法强行转动，这样即使有人闯入车内也无法起动汽车。